מאז כניסתם לשוק, פעילי שטח אמפוטריים שימשו בעיקר במוצרי טיפוח אישי. בשנים האחרונות, היישום שלהם התרחב למוצרי ניקוי ביתיים, כגון דטרגנטים לשטיפת כלים-ידנית וחומרי ניקוי משטחים קשים.
יתר על כן, פעילי שטח אמפוטריים נמצאים בשימוש נרחב בתעשיות כימיות, טקסטיל, צבע, פיגמנטים, מזון, תרופות, מכונות, מתכות ודטרגנטים יומיומיים.
במוצרי טיפוח אישי, היישום המוקדם ביותר שלהם היה בשמפו תרופתי המכילים ביוצידי מלח אמוניום רבעוני (Mannheimer HS. 1958), אשר הפחיתו באופן משמעותי את הגירוי הנגרם מנוכחות מלחי אמוניום רבעוניים.
במוצרי ניקוי אישיים כמו שמפו, ג'ל רחצה ותכשירי ניקוי לפנים, נפוץ שימוש בחומרי שטח אמפוטריים בשל תכונות הניקוי, ההקצפה, ההרטבה והעדינות שלהם על העור.
בתכשירי שמפו לשיער, השילוב של פעילי שטח אמפוטריים ואניונים משנה את מבנה המשקעים על השיער, וכתוצאה מכך לשיער רך ולא -שמנוני.
בתעשיית הקוסמטיקה, נעשה שימוש נרחב בחומרי שטח אמפוטריים בשל רמות הגירוי הנמוכות שלהם, כגון מריחת אימידאזולינים אמפוטריים במסירי איפור.
פעילי שטח אמפוטריים משמשים לעתים קרובות בשילוב עם חומרים פעילי שטח אניונים או קטיוניים כדי לייצר אפקטים סינרגטיים, הפועלים כמרככים, חומרים אנטי סטטיים, חומרים מתחלבים, מפזרים וחומרי חיידקים בקוסמטיקה.
פלואורובטאינים משמשים גם במטפי כיבוי קצף.
